A CIS tem por finalidade acompanhar, orientar, fiscalizar, avaliar e supervisionar a implementação do Plano de Carreira dos Técnicos Administrativos no âmbito da instituição e propor à Comissão Nacional de Supervisão as alterações necessárias para aprimoramento de suas funções.

O Incentivo à Qualificação de que trata o caput será concedido aos servidores que possuírem certificado, diploma ou titulação que exceda a exigência de escolaridade mínima para ingresso no cargo do qual é titular, independentemente do nível de classificação em que esteja posicionado.

Progressão por Capacitação Profissional(PCP) é a mudança de nível de capacitação, dentro do mesmo cargo e da mesma classe, decorrente da obtenção pelo servidor de certificação em programa de capacitação. Essa mudança, por exemplo, pode ser do nível I para o II, chegando até o IV.

A progressão por mérito profissional é a mudança do padrão de vencimento (que vai do 1 ao 16, dentro de cada classe), a cada 18 meses de efetivo exercício. A Lei nº 11.091/2005 organizou os cargos em cinco níveis de classificação (A, B, C, D e E).

Os servidores técnico-administrativos em educação nomeados para cargo de provimento efetivo no IFTO ficarão sujeitos a período de avaliação, denominado estágio probatório, durante o qual sua aptidão e capacidade para o desempenho das atribuições inerentes ao cargo serão objeto de avaliação.